법인의 대표자에게 지급되는 급여, 상여 등은 대표자 입장에서 보면 근로소득이고, 법인의 입장에서 보면 비용에 해당된다.
그러므로 법인세가 과세되는 소득금액은 대표자에 대한 인건비가 손금으로 비용 처리된 상태로 계산되는 것이며, 회사가 대표자에게 급여 등을 지급할 때는 일반근로자와 같이 근로소득세를 원천징수하여야 한다.

반면 개인기업의 대표자 인건비는 사업소득금액 계산시 필요경비에 산입되지 않는다.
그러므로 개인사업장에서 대표자가 인건비로 매월 일정금액을 가져가는 경우 그 금액은 대표자의 출자금에 대한 회수 또는 인출로 처리된다. 결국 개인기업의 대표자에 대한 인건비 상당액은 사업소득에 포함되어 종합소득으로 과세되는 것이다.

대표자에 대한 인건비 상당액이 법인기업의 근로소득으로 과세되느냐 아니면 개인기업의 사업소득으로 과세되느냐 하는 것이 창업주체의 의사결정에 크게 영향을 주는 것은 아닐 것이다.
그러나 소유와 경영이 분리되지 않은 법인 즉 한 사람이 회사 주식의 대부분을 소유하면서 그 주주가 회사의 대표자로서 회사를 경영하는 경우 세금부담 측면에 있어서는 소득에 적용되는 세율 구조상 개인기업보다는 법인기업이 유리하다고 할 수 있다.
왜냐하면 우리나라 종합소득세율 또는 법인세율 체계는 소득이 많을수록 높은 세율이 적용되는 누진세율 구조로 되어 있어서 소득이 한 사람에게 집중되면 세금부담도 상대적으로 더 커지게 되는데, 사업을 해서 벌어들인 소득이 법인의 경우에는 대표자(근로소득)와 법인(법인소득) 두 곳으로 분산되는데 반해, 개인기업의 경우에는 그 사업을 해서 벌어들인 소득이 사업주 개인(사업소득) 한 사람에게 집중되기 때문이다.

자금운영상의 측면에서는 개인기업에 비하여 법인기업에게 많은 제약이 따른다.
왜냐하면 법인기업은 법인 그 자체가 독립된 주체로서, 법률상 출자자인 주주나 경영자인 대표자와 그 법인과는 별개의 인격체이기 때문에 법인재산과 개인재산은 엄격히 구분하여 관리되어야 하기 때문이다.

법인의 자금은 법인의 사업목적 범위 내에서만 운영되어야 한다.
특히 그 법인과 특수관계에 있는 대표이사나 임원 또는 주주가 법인의 자금을 업무상의 용도 외로 인출하여 가는 경우에는 세법상 여러 가지 불이익이 따른다.
예를 들어 법인의 대표이사나 임원이 정당한 사유 없이 회사의 자금을 인출하여 가면 세법상 회사가 그 금액만큼 대표이사 등에게 급여를 준 것으로 보아 자금을 가져간 대표이사나 임원에게 근로소득세가 과세되는 경우가 있으며, 자금을 가져간 사람이 주주로 밝혀지면 그 주주에게 배당을 준 것으로 보아 배당소득세가 과세될 수 있다.
왜냐하면 법인의 자금은 그 법인의 업무상 용도로만 사용되어야 하는데, 법인의 대표이사나 임원은 특별한 경우를 제외하고는 원칙적으로 회사에 근로용역을 제공한 대가로서 급여 또는 상여의 형태로만 회사의 자금을 가져갈 수 있으며, 주주는 출자한 지분(주식)에 대한 배당의 형태로만 회사 돈을 가져갈 수 있기 때문이다

그래서 법인이 대표이사나 임원 또는 주주 등 회사와 특수관계에 있는 자들과 금전거래가 있는 경우에는 자금의 용도를 분명하게 밝혀서 세무처리를 하여야 하며, 불가피하게 업무상의 용도 외로 자금을 인출하여 갈 때는 회사와 특수관계자간에 자금대여약정을 체결하여 놓고 원리금상환 등과 관련한 자금거래를 객관적으로 투명하게 처리하여야만 세무상의 불이익을 피할 수 있다.

한편 개인기업의 경우에는 사업자금의 투입과 인출 측면에서 상당히 자유로운 편이다.
즉 개인기업의 사업주는 그 사업장의 출자자인 동시에 경영자로서, 사업과 관련하여 자금이 필요할 때 즉각적으로 사업주의 개인자금을 사업체에 투입할 수 있고, 투입된 자금을 사업상의 용도 외로 인출하는 경우에도 수입금액 누락이 없고 동 금액을 경비 처리하지 않는 한 원칙적으로 세무상 특별한 불이익을 받지 않는다.

이와 같이 창업주체에 대한 의사결정에 있어서 자금운영상의 측면은 중요한 관점에서 다루어져야 하며, 법인기업을 운영할 때는 회사의 자금운영을 적법하고 투명하게 처리하여야 하고 회사자금과 개인자금은 엄격하게 구분ㆍ관리되도록 하여야 한다.

사업자가 매출을 누락하거나 가공경비를 필요경비 또는 손금으로 처리하여 세금신고를 한 경우에는 많은 세금이 추징된다.
사업자가 매출을 누락하였거나 가공경비를 필요경비 또는 손금으로 처리하였다는 것은 그 만큼 소득을 부당하게 낮추어 신고한 것이므로 소득세 또는 법인세를 탈루한 것이 되고, 그 사업자가 부가가치세 과세사업자라면 부가가치세도 내지 않은 것이 되거나 부가가치세를 부당환급 받은 것이 된다.
그래서 매출누락이나 가공경비 처리사실이 나중에 과세당국에 의하여 확인되면 탈루한 법인세와 소득세 및부가가치세를 추징당하게 되는 것이다.

추징되는 세금의 규모는 개인기업에 비하여 법인기업이 훨씬 많다.
왜냐하면 개인기업의 경우에는 탈루한 소득세와 부가가치세만 내면 되지만, 법인의 경우에는 탈루한 법인세와 부가가치세를 추징당함은 물론 법인의 대표자에게도 소득세가 추징되기 때문이다.
이 경우 법인의 대표자에게 소득세를 추징하는 것을 세법에서는 상여처분(인정상여)라고 하는데, 상여처분이란 매출누락금액이나 가공경비로 처리한 금액을 대표자가 개인적으로 가져간 것으로 보아 즉 회사가 대표자에게 상여금을 준 것으로 보아 근로소득세의 세목으로 세금을 추징하는 것을 말한다.

법인이 매출을 누락하거나 가공경비를 비용 처리한 것이 과세당국에 의하여 확인되면 그 금액에 대하여 부가가치세 10%, 법인세 최고세율 27.5%(주민세 포함), 대표자 상여처분에 따른 소득세 최고세율 38.5%(주민세 포함) 등의 세금을 내야 하는데, 이를 모두 합하면 매출누락 또는 가공경비 처리금액의 76%에 해당하는 세금이 추징될 수 있다.
여기에 신고ㆍ납부불성실가산세 등 여러 가지 가산세를 포함하면 추징되는 세금의 규모는 매출누락금액 또는 가공경비 처리금액의 100%를 넘을 수도 있다.

개인사업자에게는 상여처분제도가 없으므로 추징되는 세금 부담은 법인기업에 비하여 상대적으로 덜한 편이다. 그럼에도 불구하고 개인기업에게 추징되는 세금도 만만치 않다.

개인기업의 경우에도 추징되는 세금의 규모는 부가가치세 10%, 소득세 최고 38.5%(주민세 포함) 총 48.5%가 되고, 여기에 가산세가 추가되면 매출누락금액 또는 가공경비 처리금액에 대하여 70%에 육박하는 세금이 추징될 수 있다.
그러므로 개인사업자의 경우에도 매출누락 등이 생기지 않도록 세무관리에 각별히 유의하여야 한다.

창업주체의 의사결정에 있어서 매출누락 등을 전제로 해서 추징되는 세금의 규모가 어떠냐 하는 것을 고려할 사항은 아닐 것이다.
그러나 소매업이나 음식ㆍ숙박업, 개인 및 사회서비스업 등 최종소비자를 대상으로 하는 현금수입업종의 경우에는 가능하면 법인창업을 피하는 것이 좋다.
이러한 업종의 경우에는 실수나 착오 또는 기타 여러 가지 사유로 본의 아니게 현금매출이 누락되는 개연성이 타 업종에 비해서 많기 때문이다.

개인사업자의 사업소득에 적용되는 종합소득세나 법인소득에 적용되는 법인세는 아래 표에서 보는 바와 같이 과세표준금액의 크기에 따라 적용되는 세율이 다르고, 과세표준금액이 높아질수록 세율도 높게 적용되는 누진세율구조로 되어 있다.